Есть два интерне-магазина как научиться все контролировать и всегда быть в теме того что происходит?
Используйте качественный vps хостинг windows и тогда проблем никаких не будет, магазины будут у вас работать шустро. Что касается вопроса по поводу контроля, то да, вам, наверное, какие-то программы для автоматизации стоит задействовать. Может даже стоит обратиться к программистам, чтобы разработали наиболее индивидуальную CMS систему, подходящую непосредственно для ваших сайтов.